一部を除き、基本となるゲーム内容はニンテンドー3DS版と同じです。
ニンテンドー3DS版との主な違いは下記の通りです。

・グラフィックの高解像度化
・オートセーブ機能に対応
・クラウドバックアップに対応
・スマートフォンに合わせた操作方法に最適化
・「DLクエスト」「DLトーナメント」をはじめから収録（名称が「特別クエスト」「特別トーナメント」に変更）
・「コラボコンテンツ（一部）」「amiboとの連動」「ローカル通信対戦」「すれちがい通信を利用した要素」の削除