基本的なゲーム内容は同じですが、プレイできるバージョンに違いがあります。
それぞれの違いについては、下記Q&Aをご確認ください。

＜Apple Arcade版との違い＞
iOS版（有料版/無料版）やニンテンドー3DS版とゲーム内容は同じですか？

＜ニンテンドー3DS版との違い＞
有料版は、ニンテンドー3DS版のどのバージョンがプレイできますか？

なお、ゲーム内容以外にもニンテンドー3DS版とは主に以下の違いがあります。

・グラフィックの高解像度化
・オートセーブ機能に対応
・クラウドバックアップに対応
・スマートフォンに合わせた操作方法に最適化
・「DLクエスト」「DLトーナメント」をはじめから収録（名称が「特別クエスト」「特別トーナメント」に変更）
・「コラボコンテンツ（一部）」「amiboとの連動」「ローカル通信対戦」「すれちがい通信を利用した要素」の削除