基本的なゲーム内容は同じですが、Apple Arcade版は、ニンテンドー3DS版のTU1.1相当の内容で遊べます。
iOS有料版やニンテンドー3DS版のTU1.2以降に追加された内容は含まれていません。

＜Apple Arcade版ではご利用いただけない主な内容・要素＞
・蜃気楼の塔（追憶の塔/双天の塔）
・オトモン（テオ・テスカトル、ラージャン、クシャルダオラ）
・TU1.2以降に追加された「キャラクターの見た目パーツ」や「なりきり装備」
・マイハウスでの性別変更機能
・特別サブクエストや通信対戦のみでしか入手できなかったオトモンを「モンスターの巣」から入手する方法（モノブロス亜種、キリン亜種、ティガレックス希少種、ディノバルド）
・オトモン厩舎の上限の増加

なお、ゲーム内容以外にもニンテンドー3DS版とは主に以下の違いがあります。

・グラフィックの高解像度化
・オートセーブ機能に対応
・クラウドバックアップに対応
・スマートフォンに合わせた操作方法に最適化
・「DLクエスト」「DLトーナメント」をはじめから収録（名称が「特別クエスト」「特別トーナメント」に変更）
・「コラボコンテンツ（一部）」「amiboとの連動」「ローカル通信対戦」「すれちがい通信を利用した要素」の削除