フレンド申請を受け取る側が、以下の設定になっている可能性があります。

・本体のマイページの「ユーザー設定」→「フレンド機能の設定」で、「フレンド申請を受け取る」がOFFになっている。
・本体のマイページの「ユーザー設定」→「ブロックリスト管理」で、フレンド申請を送ったユーザーがブロックリストに登録されている。

フレンド申請を受け取る場合は、「フレンド申請を受け取る」をONにして、ブロックリストにフレンド申請を送ったユーザーが登録されていない状態にしてください。

※3DS版のユーザーとはフレンドにはなれません。