ボタン配置は変更できますか?

はい、可能です。
■X5/X6
タイトル画面の「オプション」もしくは武器選択画面の「ボタン設定をおこないます(コントローラのアイコン)」から各操作を任意のボタンに割り当てることができます。
■X7
タイトル画面の「オプション」もしくはステージセレクト画面からLBボタン/[D]キーで移動した画面の「OPTION」にある「操作設定」、武器選択画面の「操作設定(スパナのアイコン)」から各操作を任意のボタンに割り当てることができます。
■X8
オプション画面の「CONTROLS」から各操作を任意のボタンに割り当てることができます。
オプション画面には下記の方法で移動可能です。
・タイトル画面の「OPTION」から
・武器選択画面の「SUPPORT」にある「設定を変更する」から
・ラボラトリーの「オプション」から