基本的なストーリーはオンライン版と同様ですが、オンライン要素の削除に伴い、アイテムの入手方法や表示項目などに細かな違いがあります。
その他、主な違いは以下のとおりです。

・BGM＆シナリオボイス鑑賞の追加

・期間限定だったイベントステージを選択して開始可能（イベントステージのプレイには一定のプレイヤーレベルが必要です）

・以下の要素の削除
オンライン要素（対戦モード/協力プレイ/ランキング/ギルド等）
課金要素（エレメタルの購入/カプセル等）
「ロックマン」シリーズ以外のコラボレーションキャラクターやステージ