いいえ。
ゲームのシステムやプレイできるモードなど、基本的なゲーム内容に違いはありません。
ただし、アップグレード版をご利用の場合、タイトル画面やオープニングムービーではアップグレード版を適用したゲーム「スーパーストリートファイターIV」もしくは、「スーパーストリートファイターIVアーケードエディション」の内容が表示されます。

※アップグレード版をプレイするには、「スーパーストリートファイターIV」もしくは、「スーパーストリートファイターIV アーケードエディション」が必要です。