シナリオなど基本的なゲーム内容は、ゲームボーイアドバンス版と同様です。
本作では以下の要素が追加されています。

・タイトル選択画面やギャラリー画面に「3Dロックマン」の追加
・アートギャラリーの追加
・ミュージックプレイヤーの追加
・イベント等で配信されたチップ15枚（全タイトル合計）を収録
・改造カード全499枚（エグゼ4～6の合計）を収録
・バスターMAXモードの追加
・高画質化フィルターの実装
・オンライン※で遠くのネットバトラーとの対戦やトレードなどが可能
※ネットバトルは「PlayStation Plus」（有料）に加入が必要
※最新のタイトルアップデートの適用が必要

なお、ゲームボーイアドバンス版で対応していた関連ホビーとの連動機能には対応しておりません。

詳細は、「ロックマンエグゼ アドバンスドコレクション」公式サイトをご確認ください。

　→　「ロックマンエグゼ アドバンスドコレクション」公式サイト　（別ウィンドウで開きます）