各バージョンとも基本的なゲーム内容は同じになります。
各バージョンにおける主な違いは以下の通りです。

●物語を進めると入手できる、スターフォースという変身能力によって、変身できるロックマンの種類が違います。
ペガサスバージョン・・・アイスペガサス
レオバージョン・・・・・・ファイアレオ
ドラゴンバージョン・・・グリーンドラゴン

●ゲーム中、手に入るギガクラスカードが違います。
ペガサスバージョン・・・ペガサスマジックGX 等
レオバージョン・・・・・・レオキングダムGX 等
ドラゴンバージョン・・・ドラゴンスカイGX 等