基本的なゲーム内容はどちらのバージョンも同じになります。
各バージョンにおける主な違いは以下の通りです。

◆ファイナライズ時の変身が違う
バトル中にノイズ率が200%以上になった際に変身できる姿が異なります。
それぞれブラックエース、レッドジョーカーに変身し、能力も異なります。

◆各ノイズへのチェンジのしやすさが異なる
ノイズチェンジで変身する姿が何になるかはランダムですが、それぞれのバージョンで変身しやすいノイズがあります。

<ブラックエースは以下のノイズにチェンジしやすい>
リブラノイズ、コーヴァスノイズ、キャンサーノイズ、ジェミニノイズ、オヒュカスノイズ

<レッドジョーカーは以下のノイズにチェンジしやすい>
キグナスノイズ、オックスノイズ、ヴァルゴノイズ、クラウンノイズ、ウルフノイズ

◆ゲーム中、手に入るギガクラスカードが異なる
<ブラックエースで手に入るギガクラスカード＞
ウィングブレード
ダークネスホール
サウザンドキック
ブレイクカウントボム
ムーリジェクション

＜レッドジョーカーで手に入るギガクラスカード＞
グレイブメテオレーザー
デストロイミサイル
バスターマックス
オックスタックル
ドッペルミラー