「モンスターハンター ストーリーズ」のセーブデータのみを個別にコピーすることはできません。

ニンテンドー3DS本体の仕様として、PCを用いてSDカード内のニンテンドー3DS関連のデータをフォルダごと別のSDカードに移すことは可能です。
ただし、コピーしたデータは、元のSDカードを利用していた本体または、その本体から「ソフトとデータの引っ越し」を行った、引っ越し先の本体でのみ利用できます。

詳しくは本体の取扱説明書をご確認ください。