SDカードに保存されているデータに問題が発生している可能性があります。
『ニンテンドーeショップ』で「修復更新」を実行していただくことで改善する可能性がありますので、下記の手順をお試しください。

（1）『ニンテンドーeショップ』をはじめる。
（2）トップページで問題が発生するソフトのタイトルを検索して、そのソフトの「詳細情報を見る」をタッチする。
（3）詳細情報ページの一番下にある「ソフトを修復更新する」ボタンをタッチする。

※修復更新とは、SDカードに保存されているダウンロードソフトのデータに問題があった場合に、セーブデータに影響を与えずに、ソフトデータの修復（再受信）を行う機能です。
※修復更新にはインターネットに接続できる環境が必要です。