以下の内容に心あたりはございませんか？
・ニンテンドー3DSのSDカードを交換したことがある
・ニンテンドー3DSを買い換えたことがある
・複数のニンテンドー3DSでゲームカードを差し替えて遊んでいる
・「モンスターハンター3（トライ）G」を中古で購入した
・「モンスターハンター3（トライ）G」で、2つ以上のセーブデータを作って遊んでいる

1つでも心あたりのある場合は、ギルドカードデータが正しく保存されていない可能性があります。そのままニンテンドー3DSからWii Uにセーブデータを移行すると、ギルドカードデータが失われてしまう恐れがあります。安全にセーブデータの移行を行うためには、ギルドカードデータを正しく保存し直す必要があります。
ニンテンドー3DSソフト「モンスターハンター3（トライ）G」で以下の操作をお試しのうえ、再度セーブデータの移行を行ってください。

(1)ニンテンドー3DSで「モンスターハンター3（トライ）G」を起動する。
※ギルドカードデータは、SDカードに保存されています。必ずニンテンドー3DSにSDカードを差した状態で操作を行ってください。

(2)セーブデータをロードしてゲームを始め、ベッドやスタートメニューから「セーブ」を行う。

(3)セーブデータが2つ以上ある場合、(2)の操作を「モンスターハンター3（トライ）G」にあるすべてのセーブデータで行う。

(1)～(3)の操作を行っていただくことで、ギルドカードデータを正しく保存し直すことができます。この状態で、ニンテンドー3DSからWii Uへのセーブデータ移行を行ってください。
『SDカードにゲームカードのセーブとは異なるセーブデータの追加データが保存されています。このまま転送を行うと、ギルドカード・ダウンロードデータが転送されませんがよろしいですか？』というメッセージは表示されなくなり、セーブデータを正常に移行することができるようになります。