バイルによる圧政で、ネオ･アルカディアは混乱状態に陥った。

自分に逆らう者を許さないバイルは、さらに戦闘部隊を強化して治安にあたらせる。人間とレプリロイドは、バイルの支配を受け入れるか、荒野に逃げ出すかを選ばなければならなかった。

ゼロたちは、荒野に逃げ延びた人々やレプリロイドをネオ･アルカディアから救うため、各地で戦闘を続けていた。



ある時ゼロたちは、レプリロイドに襲われていたキャラバンを助ける。

キャラバンのリーダー、ネージュは、エリア･ゼロにある人間だけの集落を目指していることを語る。



そのころ、ネオ･アルカディアは新たな作戦を実行に移そうとしていた……。



■サービス名：バーチャルコンソール

■過去に発売されたプラットフォーム：ゲームボーイアドバンス

■過去に発売された年：2005年