ロックマンＸ４

西暦２１ＸＸ年。人間的思考をもったレプリロイドと人間とが共存し、繁栄している世界。
この世界には、２つの大きな組織があった。電子頭脳に故障をきたしたレプリロイドを処理するための「イレギュラーハンター」と、大規模な災害時に迅速な対応をするために設置された、レプリロイドだけの軍隊、「レプリフォース」である。
両者はこれまで、おたがいに助け合い、協力しながら、それぞれの任務を行っていた。
だが、ある日、巨大な軍事力を持ったレプリフォースが、最高司令官の「ジェネラル」をリーダーとして、いっせいにクーデターを起こし、各地を占拠してしまった。
イレギュラーハンター司令部は、ただちにレプリフォース全体をイレギュラーと認定し、エックスおよびゼロに出撃命令を下した。
レプリフォースは、なぜ反乱をおこしたのか。
ハンターたちは大きな疑問を胸に抱きながらも、戦いの中に我が身を投じていく。
そして戦いの果てに、彼らが目にしたものとは…。