ヒーローとヴィラン（悪党）が激しくぶつかりあう2つの世界。 「マーベル・ユニバース」と「カプコン・ユニバース」
ある日突然、2つの世界が融合した。
それはすべて、「ウルトロンΣ（シグマ）」によるものだった。
ウルトロンΣ・・・ マーベル・ユニバースのヴィラン（悪役）「ウルトロン」と、 カプコン・ユニバースのレプリロイド「シグマ」が融合して誕生した、 究極の存在だ。

ウルトロンΣは、「インフィニティ・ストーン」の力を使い、 マーベルとカプコン、2つのユニバースを融合し、 まったく新しいユニバースを作り出してしまったのだ。
急に融合された世界はパニックと混乱が広がり、世界は絶望につつまれた。 その中でも２つのユニバースから集まったヒ―ロ―たちは、 新たな連携を築き、共にウルトロンΣの野望を阻止すべく立ち上がる。

だが、ウルトロンΣの力は強大かつ絶大だ。 倒すには無限の力が秘めているとされている インフィニティ・ストーンを探し出すしかない。
厳しい状況に置かれたヒーローたちは、 インフィニティ・ストーンへと導ける唯一の存在、 悪名高き宇宙の帝王「サノス」…狂えるタイタン人とも 呼ばれる男に助けを求めるのだった・・・