１９９８年７月・・・

アメリカ中西部に位置するラクーンシティ郊外のアークレイ山地。ここでは最近、人が食い殺されるという猟奇殺人事件が頻発していた。
事態を重く見たラクーン市警は、特殊捜査部隊S.T.A.R.S.ブラヴォーチームの投入を決定、現地へと急行させるが、一行を乗せたヘリは現場近くの森で謎のエンジントラブルを起こし、墜落してしまう・・・。

脱出にこそ成功したものの、全ての装備を失ったブラヴォーチーム。そこで彼らが見たものは、大破した軍の囚人護送車と、惨殺された海兵隊員たちだった。
S.T.A.R.S.ブラヴォーチーム隊長エンリコ・マリーニは、護送車から脱走したと見られる元海兵隊員ビリー・コーエンの行方を追うよう、隊員たちに指示、事態の解決に乗り出した。
・・・この時、今回の事件がやがてラクーン全土を巻き込む大惨事にまで発展することを誰一人予想していなかった・・・。