ＰＥＴ(PErsonal Terminal)と呼ばれる携帯情報端末と、
そこにインストールされたネットナビ
(ネットワーク ナビゲーション プログラム)のおかげで、
人々は誰でも気軽にインターネットを利用できるようになり、
豊かな生活を送っていた。

しかしそれにともなって、コンピュータウイルスや
ハッキングなどによるネットワーク犯罪の問題が深刻化。
中でもＷＷＷ(ワールドスリー)と呼ばれる謎の組織の
ネットワーク犯罪はとても凶悪で、
全国各地に被害が広まっている。

秋原町に住む光 熱斗は小学5年生。
ネットナビはロックマン.ＥＸＥ。

小さいころからいっしょにいる2人は親友のように
仲がよく、ウイルスバスティングの息もぴったり。
ある日、いつも通り学校から帰ってきた熱斗は、
ＷＷＷの引き起こした事件に巻き込まれてしまう。

熱斗は事件を解決するため、
ロックマンと共にＷＷＷに立ち向かっていくことに!