『ロックマン エグゼ オペレート シューティングスター』には、
『ロックマン エグゼ』と『流星のロックマン』がクロスオーバーしたシナリオが追加される！

WWW（ワールドスリー）の悪事に悩む熱斗の
もとに、幼なじみのメイルから突然の電話が。
なんと、メイルのネットナビ「ロール」が
さらわれたらしい！
まさかまたWWWの仕業か！？

メイルに話を聞くと、ナビが現実世界に現れて
ロールをさらっていたようだ・・・
ロールをさらったナビを追い、
熱斗はロックマンを電脳世界へ送り込む。

電脳世界でついに『エグゼ』と『流星』が出会う！
だが、言葉を交わすことなく攻撃してくる
流星のロックマン。
謎は深まるばかり・・・