ロックマンとの戦いに敗れ、
行方不明になっていたDr.ワイリーの消息がわかった。
しかも、自らの野望を実現するために
新しい城を建造していたのだ。
そのワイリー城が何者かに占拠された。
その占拠した首謀者は、キングと名乗るロボットだった！
世界征服をたくらむキングは博物館から
ロボットのデータを盗み出し、みずからの軍団を編成した。
ロックマンとフォルテは一時休戦し、
力をあわせて調査にのりだした！