. . シグマの策略によるコロニー落下事件から３週間後。 ゼロの命と引き替えにコロニーの地球衝突はなんとかまぬがれたものの、 地球に及ぼした影響は大きく、荒れ果てた姿となった。 人類は地上に出ることが出来ず、地下で生活し、 レプリロイドは地上に出て、地上再建に励んでいた。 エックスも生き残ったわずかなハンター隊員と共に復旧作業に努めていた。 不幸中の幸いかシグマウィルスは完全に消滅して、イレギュラーも発生していない。 そんなある日、エイリアからの警告が入る！ 「イレギュラー発生！巨大なイレギュラーが暴れてるわ！ 　エックス！現場に直行して！」 消滅したと思われていたイレギュラーが再び発生した。 このイレギュラーは一体？真相を突き止めるべく、エックスは一人孤独に戦場へ向かった…